هیأت مدیره یک نفر را به عنوان مدیر عامل انتخاب می نماید که اداره امور بنیاد زیر نظر وی و هیأت مدیره انجام می شود. همچنین هیأت مدیره می تواند تمام یا قسمتی از اختیارات خود را به شخص مدیر عامل تفویض نماید و هیأت مدیره بنیاد در حال حاضر عبارتند از : آقای علاء میر محمد صادقی (رئیس هیأت مدیره)، آقای دکتر ناصر باهنر (مدیر عامل)، آقای محسن رفیق دوست ، آقای مهندس محسن هاشمی رفسنجانی، آقای دکتر حسین بیرشک
نخستین مدیر عامل بنیاد مرحوم حاج حبیب اله شفیق بود که در مدت 14 سال مسئولیت خود ، منشاء خدمات ارزنده ای برای بنیاد رفاه گردید. از جمله خدمات ارزشمند وی می توان به تأسیس پیش دبستان دخترانه، مدرسه راهنمایی، دبیرستان، پیش دانشگاهی، آموزشگاه دخترانه زبان ، خریداری و آغاز فعالیت اردوگاه فرهنگی تفریحی لواسان اشاره نمود.
در حال حاضر آقای دکتر ناصر باهنر مدیر عامل بنیاد فرهنگی رفاه می باشد، که از سال 1384 این مسئولیت را بر عهده دارد. اخذ مجوز و شروع فعالیت مرکز مشاوره و خدمات روان شناسی، آغاز فعالیت هنرستان و دانشکده علوم انسانی غیر دولتی رفاه، اخذ مجوز تأسیس مجتمع آموزشی پسرانه و شروع فعالیت پیش دبستان و دبستان پسرانه و همچنین ساخت مجموعه فرهنگی ورزشی رفاه در دوره مسئولیت وی صورت گرفته است.